Les Austrasiens attaquent la Neustrie : Clotaire est battu deux fois, mais à la mort de Thierry II, l'aristocratie d'Austrasie, qui refuse la tutelle de Brunehaut (régente du royaume, ses petit-fils étant mineurs) la livre au roi de Neustrie, en 613. Clotaire II, après avoir supplicié la vieille reine pendant trois jours, la fait promener à travers le camp sur un chameau, puis attacher par les cheveux, les pieds et un bras à la queue d'un cheval fougueux, jusqu'à ce que ses membres soient dispersés...

Clotaire II, ayant fait égorger tout ce qui reste de la race de Clovis, reste seul roi des Francs , réunifiant :

1. L'Austrasie : l'Est de la France actuelle et les régions rhénanes

2. La Neustrie : le Nord-Ouest de la France actuelle (sans la Bretagne)

3. La Burgondie : du nom des Burgondes, un autre peuple germanique qui était demeuré arien à l'époque de Clovis (l'actuelle Bourgogne et le centre, Orléans)

L'aristocratie lui impose des maires du palais pour diriger l'Austrasie et la Neustrie.

Malgré cette réunification, deux éléments vont contribuer à affaiblir définitivement l'autorité de la dynastie mérovingienne :

1. Les fortes dissensions entre la Neustrie et l'Austrasie font perdre toute homogénéité au royaume,

2. Les Maires du Palais bénéficient d'un pouvoir croissant : afin de les remercier de leur concours durant les conflits, l'inamovibilité leur est accordée

Pour la 1ère fois, il apparaît que le roi est tributaire de l'aristocratie qui l'avait aidé à affirmer son pouvoir.

Clotaire II meurt de mort naturelle en 629 et est enterré à Paris, dans l'actuelle église de Saint-Germain-des-Près. Parmi ses deux fils, Charibert et Dagobert, le premier décéda prématurément et le second fit assassiner son neveu pour assurer l'unité du territoire. Le court règne de Dagobert Ier marqua alors une période d'apogée et de relative paix dans le royaume mérovingien.