La Basse époque est une période de forte instabilité qui se caractérise par des prises de pouvoir successives de souverains étrangers, entrecoupée de courtes périodes d'indépendances. Ces souverains, bien que de cultures très différentes, s'adapteront au modèle égyptien et respecteront ses valeurs fondamentales tout en y intégrant des éléments de leurs cultures. Ils se feront proclamer pharaon et choisiront une titulature royale souvent calquée sur celles des anciens rois.

Les Perses s'emparent du pays vers -525. La première occupation perse, n'est en aucune façon médiocre pour les autochtones, du moins au début, et malgré les malheurs et autres maux dont sont accusés les premiers pharaons perses, le peuple est respecté. Le seul roi de la XXVIIIe dynastie est Amyrtée, Égyptien qui reprend les rênes du pays en chassant provisoirement les Perses : la XXIXe dynastie est un mélange de gouverneurs égyptiens sans pouvoirs bien prononcés. Nectanébo II est bien le dernier pharaon autochtone du pays et celui qui entreprend la construction du temple d'Isis à Philae (portique).

Par la suite, l'Égypte redeviendra une province, d'abord de l'empire perse puis des Macédoniens.