L'église avait besoin d'une "épée" pour combattre l'hérésie arienne : Saint Rémi a donc tout intérêt à convertir par le baptême le roi Clovis afin que les francs deviennent les protecteurs de l'église.

1. C'est dans ce contexte que Saint Rémi incite Clovis à demander en mariage Clothilde, une princesse burgonde catholique et nièce du roi burgonde Gondebaud. Le roi Gondebaud accepte cette union par intérêt politique, en espérant pouvoir profiter de la bienveillance de Clovis : le mariage est célébré en 493 à Soissons et à partir de ce moment, Clothilde pousse son mari à se convertir à sa religion en tentant de vaincre ses réticences.

2. Clovis reste au début méfiant vis à vis de la religion catholique : (1) il doute de l'existence du Dieu de Clothilde suite au décès de leur 1er enfant qui meurt dans ses habits de baptême, (2) il est conscient que cet acte peut lui faire perdre le caractère sacré que lui reconnaissaient les francs en anéantissant le prestige de son origine réputée divine : il court le risque de se voir abandonné par une partie de son peuple

Après un temps de réflexion et de maturation et suite à l'incitation de sa femme, Clovis est baptisé à Reims par Saint Rémi le 25 Décembre 496 ou 498. La tradition du sacre à Reims est ainsi initialisée pour les rois de France qui reçoivent leur pouvoir de Dieu. Les traces du baptistère contemporain au baptême de Clovis ont été retrouvées dans la cathédrale de Reims, qui a été construite au dessus de l'édifice initial.

Ce baptême est loin de se limiter à sa seule dimension religieuse, du fait de ses nombreuses conséquences au niveau politique :

1. Création de la 1ère entité politique cohérente sur le sol de France : l'empereur d'Orient Anastase prend d'ailleurs parti pour le catholique Clovis : il recevra plus tard les insignes consulaires, signe du plus grand souverain d'Occident.

2. Ouverture d'une fracture décisive entre les francs et les goths ariens : le roi wisigoth Alaric ne peut supporter cette reconnaissance officielle de Clovis.

3. Reconnaissance aux yeux des gallo-romains de la réputation de Clovis, notamment pour la classe sénatoriale : les rois ariens sont désormais en porte à faux vis à vis de la majorité de leur sujets.

4. Modification de la nature du pouvoir royal : la monarchie mérovingienne était élective au sein de la famille du roi et l'assemblée de guerriers pouvait déposer le roi pour désigner un remplaçant. Le baptême de Clovis légalisait donc son droit de régner au nom de Dieu et écartait du pouvoir ses parents à l'exception de sa descendance directe

S'il ne faut pas négliger les convictions religieuses de Clovis, il est indéniable que les conséquences politiques de cet acte ont été calculées : son baptême jouera un rôle déterminant dans l'hégémonie que Clovis finira par imposer à toute la Gaule en le positionnant en protecteur des églises du royaume et en défenseur de la foi catholique.