A la mort de Clotaire 1er, Sigebert a l'Austrasie, Chilpéric la Neustrie, Gontran (qui meurt sans héritier en 593) la Bourgogne , et Caribert, l'Aquitaine. Mais ce dernier vit loin de son héritage, à Paris. A sa mort, en 567, malgré ses 4 épouses, il ne laisse qu'une fille, si bien que ses trois frères survivants se disputent son héritage. Des disputes incessantes entre Chilpéric et Sigebert vont donner naissance à une véritable guerre civile au sein du royaume franc.

Sigebert épouse Brunehaut, fille du roi des wisigoths (alors retranchés en Espagne) : afin de l'imiter dans sa stratégie de mariage d'intérêt, après avoir répudié sa femme Audovère, Chilpéric épouse à son tour la soeur de cette dernière, Galeswinthe. Galeswinthe ne se sentant pas aimée, elle demande à Chilpéric le droit de pouvoir se retirer dans un couvent : il accepte mais la fait étrangler vers 570 pour plaire à une de ses domestiques, Frédégonde, qu'il épousera ensuite. Une haine farouche va ainsi opposer Sigebert à Chilpéric et Brunehaut à Frédégonde et 50 années de luttes fratricides vont suivre : cette période est connue sous le nom de faide royale.

Frédégonde est à la source d'un nombre impressionnant d'assassinats :

1. Elle fait assassiner Sigebert, roi d'Austrasie et frère de son mari, en 575 : son territoire est alors dirigé par son fils Childebert II sous la tutelle de Brunehaut.

2. Elle exécute par la suite tous les enfants que son mari Chilpéric a eu avec d'autres femmes pour réserver le trône à son enfant

3. Elle tue enfin son mari en 584 après qu'il se soit aperçu qu'elle entretenait des relations coupables avec un Maire du Palais

Frédégonde assure alors dès 584 la régence de son fils Clotaire II (qu'elle a eu avec Chilpéric) qui n'a que 4 mois : commence l'époque des reines sanguinaires Frédégonde et Brunehaut, qui accentue la division Est-Ouest entre l'Austrasie et la Neustrie et qui bloque tout développement de la dynastie mérovingienne

Né quatre mois après l'assassinat de son père Chilpéric Ier, Clotaire est proclamé roi par sa mère qui assume la régence. En 592, Frédégonde s'empare de la Bourgogne. En 595, après la mort de Childebert II et de Gontran, elle fit occuper Paris et vainquit les Austrasiens et de sa rivale Brunehaut. Elle meurt en 597.

Les Austrasiens attaquent la Neustrie : Clotaire est battu deux fois, mais à la mort de Thierry II, l'aristocratie d'Austrasie, qui refuse la tutelle de Brunehaut (régente du royaume, ses petit-fils étant mineurs) la livre au roi de Neustrie, en 613. Clotaire II, après avoir supplicié la vieille reine pendant trois jours, la fait promener à travers le camp sur un chameau, puis attacher par les cheveux, les pieds et un bras à la queue d'un cheval fougueux, jusqu'à ce que ses membres soient dispersés...

Clotaire II, ayant fait égorger tout ce qui reste de la race de Clovis, reste seul roi des Francs , réunifiant :

1. L'Austrasie : l'Est de la France actuelle et les régions rhénanes

2. La Neustrie : le Nord-Ouest de la France actuelle (sans la Bretagne)

3. La Burgondie : du nom des Burgondes, un autre peuple germanique qui était demeuré arien à l'époque de Clovis (l'actuelle Bourgogne et le centre, Orléans)

L'aristocratie lui impose des maires du palais pour diriger l'Austrasie et la Neustrie.

Malgré cette réunification, deux éléments vont contribuer à affaiblir définitivement l'autorité de la dynastie mérovingienne :

1. Les fortes dissensions entre la Neustrie et l'Austrasie font perdre toute homogénéité au royaume,

2. Les Maires du Palais bénéficient d'un pouvoir croissant : afin de les remercier de leur concours durant les conflits, l'inamovibilité leur est accordée

Pour la 1ère fois, il apparaît que le roi est tributaire de l'aristocratie qui l'avait aidé à affirmer son pouvoir.

Clotaire II meurt de mort naturelle en 629 et est enterré à Paris, dans l'actuelle église de Saint-Germain-des-Près. Parmi ses deux fils, Charibert et Dagobert, le premier décéda prématurément et le second fit assassiner son neveu pour assurer l'unité du territoire. Le court règne de Dagobert Ier marqua alors une période d'apogée et de relative paix dans le royaume mérovingien.

Roi d'Austrasie en 622, Dagobert 1er devient aussi roi de Neustrie à la mort de son père et impose son autorité y compris sur l'Aquitaine à la mort de son frère Caribert en 632. Dagobert refuse la tutelle des maires du palais et, sous les conseils de (saint) Eloi, favorise l'Eglise à laquelle il fait de nombreuses donations.

1. xInstallé en Neustrie, le cœur du royaume, il s’employa à consolider l’autorité royale, notamment sur les Basques, les Bretons, et dans la basse vallée du Rhin, où il annexa la Germanie, jusqu’à l’Elbe.

2. Il imposa son autorité aux Gascons et à une partie des Bretons mais malgré sa volonté unificatrice il dut cependant accepter l'indépendance de l'Austrasie (634), qu'il confia à son second fils Sigebert II

Il a un règne marqué par la paix et prospérité relatives. Il fut le plus puissant des rois mérovingiens, s'appuyant sur divers conseillers :

1. En plus de Pépin de Landen (Maire du Palais d'Austrasie et ancêtre des carolingiens), Dagobert est conseillé par des évêques de qualité, comme Saint Eloi (qui est à cette époque trésorier du royaume), Saint Ouen ou Arnoul de Metz.

2. Sous leur impulsion, il multiplie les fondations religieuses et charitables : c'est lui qui fondera en 625 l'abbaye de Saint Denis. Ces liens tissés avec l'Eglise ont été pour Dagobert des agents de stabilité politique mais également de rayonnement idéologique

Peu avant sa mort, en 638, Dagobert partage son royaume : (1) Sigebert III qui a 9 ans et hérite de l'Austrasie et de l'Aquitaine, (2) Clovis II qui n'a que 4 ans et hérite de la Neustrie et de la Bourgogne.